Jednym z podstawowych sposobów dbania o dysk twardy jest regularne przeprowadzanie jego defragmentacji. Proces ten polega na tym, że dane na dysku porządkowane są w ten sposób, aby poszczególne pliki znajdowały się w jednym miejscu i nie były rozrzucone po kawałku po całej powierzchni dysku. Zmniejsza to znacząco ilość pracy wykonywanej przez dysk, co pozwala zwiększyć jego wydajność oraz zmniejsza ryzyko awarii, mogącej spowodować kasowanie danych z naszego dysku. Defragmentacji należy przeprowadzać mniej więcej raz w tygodniu. Niestety, czasem zdarza się, że samo przeprowadzenie defragmentacji spowoduje zniknięcie jakiegoś pliku, dlatego warto zabezpieczyć się przed tym, wykonując kopię awaryjna ważniejszych plików. Defragmentacji nie wolno przeprowadzać natomiast, jeśli już utraciliśmy jakieś pliki i planujemy przeprowadzić odzyskiwanie danych. Defragmentacja oznacza bowiem przeniesienia większości plików na dysku w inne miejsce, co równa się nadpisaniu przez nie danych, traktowanych przez system jako usunięte. Odzysk danych po defragmentacji najczęściej nie jest możliwy lub przynosi bardzo ograniczone rezultaty.